Struktur organisasi Kantor Perwakilan Provinsi Bali seperti yang tertuang dalam Peraturan Daerah Nomor 2 Tahun 2008 tentang Organisasi dan Tata Kerja Perangkat Daerah Provinsi Bali terdiri dari :

• Kepala Kantor
• Kepala Sub Bagian Tata Usaha
• Kepala Seksi Hubungan Antar lembaga
• Kepala Seksi promosi dan Informasi
• Kepala Seksi Pelayanan dan Rumah Tangga Pimpinan
• Kelompok jabatan fungsional.